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次元（nxn）の行列を行*列の組み合わせの行列に変換

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次元（nxn）の行列を行*列の組み合わせの行列に変換

私はこれがそれをよりよく説明すると思います。

次のような行列構造（ファイル）があります。

ファイル1 

____   snp1  snp2   snp3   snp4
snp1    1     0.3   0.4    0.5
snp2    0.3     1   0.4    0.5
snp3    0.4   0.4     1    0.5
snp4    0.5   0.5   0.5      1

私はこれを変えたいファイル1入力するファイル2:

snp1 snp1   1
snp1 snp2   0.3 
snp1 snp3   0.4 
snp1 snp4   0.5
snp2 snp2   1 
snp2 snp3   0.4
snp2 snp4   0.5
snp3 snp3   1
snp3 snp4   0.5
snp4 snp4   1

私は理解できることを願っていますが、他のどの形式で質問するのかわかりません。私の実際のファイルでは、ファイルはfile1よりも大きいです。

ありがとうございます。

答え1

目的の出力に応じて、上三角関数値のみを印刷します。

awk '
  NR==1 {
    split($0,hdr," "); next
  } 
  {
    for (i=NR;i<=NF;i++) {print $1 FS hdr[i] FS $i}
  }
' file
snp1 snp1 1
snp1 snp2 0.3
snp1 snp3 0.4
snp1 snp4 0.5
snp2 snp2 1
snp2 snp3 0.4
snp2 snp4 0.5
snp3 snp3 1
snp3 snp4 0.5
snp4 snp4 1

または等しくPerlを使用して

perl -alne '
  if ($. == 1) {
    @hdr = @F;
  } else {
    for $i ($.-1 .. $#F) {
      print join " ", $F[0], $hdr[$i], @F[$i];
    }
  }' file

上三角形だけでなく、行列全体が必要な場合は、ループの開始インデックスを変更して（awkバージョンから）を（perlバージョンから）forに置き換えます。NR2$.-11

答え2

修正する

今制限はありません。

#!/bin/bash

INPUT=File1
declare -a fields

fields=( $(head -n1 "$INPUT") )

i=0
while read -r line; do
    values=( $line )
    for ((j=++i; j<${#values[@]}; j++)); do
        echo -e "${fields[$i]}" "${fields[$j]}"'\t'"${values[$j]}"
    done
done < <( tail -n+2 "$INPUT")

答え3

これは使いやすくなければなりませんawk。

$ awk -f script.awk file1.txt
snp1 snp1 1
snp1 snp2 0.3
snp1 snp3 0.4
snp1 snp4 0.5
snp2 snp1 0.3
snp2 snp2 1
snp2 snp3 0.4
snp2 snp4 0.5
snp3 snp1 0.4
snp3 snp2 0.4
snp3 snp3 1
snp3 snp4 0.5
snp4 snp1 0.5
snp4 snp2 0.5
snp4 snp3 0.5
snp4 snp4 1

コンテンツscript.awk。最初の行をスキップし、必要に応じて残りの部分をフォーマットします。

$ cat script.awk
{
if (NR == 1) next;
print $1" snp1 "$2;
print $1" snp2 "$3;
print $1" snp3 "$4;
print $1" snp4 "$5;
}

コンテンツfile1.txt

$ cat test.txt 
____   snp1  snp2   snp3   snp4
snp1    1     0.3   0.4    0.5  
snp2    0.3     1   0.4    0.5
snp3    0.4   0.4     1    0.5 
snp4    0.5   0.5   0.5      1

以下のように出力を新しいファイルにリダイレクトできます。

awk -f script.awk file1.txt > file2.txt

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