Linux上のいくつかのファイルの中で、必要な列を含む新しいファイルを作成するには？

次の簡単な方法を試してください。

まず、次のようにします。

awk 'FNR==1 { print substr(FILENAME,1,16) >substr(FILENAME,1,16)".tmp" }
     FNR >1 { print $12 > substr(FILENAME,1,16)".tmp" }
     NR==FNR{ print $6  >"first_column.tmp" }' TCGA-A*/t_data.ctab

次に、pasteカンマ区切りのファイルと一緒にアーカイブします（-d,使用するにはタブを削除します）。

paste -d, *.tmp
t_name,TCGA-A2-A0T3-01A,TCGA-A7-A4SA-01A,TCGA-A7-A6VW-01A
MSTRG.1.1,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.10.1,0.284182,0.28418,0.2841
MSTRG.11.1,0.077194,0.07719,0.0771
ENST00000456328.2,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.10.3,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.11.2,0.051214,0.05121,0.0512
ENST00000450305.2,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.10.5,0.007904,0.00790,0.0079
MSTRG.10.6,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.10.7,0.000000,0.00000,0.0000
MSTRG.11.3,0.137788,0.13778,0.1377

csv出力に満足していますか？

find ballgown -name t_data.ctab | awk ' {
  F=$0
  print F " started"
  split(F,P,"/")
  FN= P[2]
  TF[FN]=1
  getline < F
  while ((getline < F) > 0) {
    TN[$6]=1
    TV[FN ":" $6] = $NF
  }
  close(F)
  print f " done"
}
END {
  printf("tname")
  for (F in TF) {
    printf(", %s",F)
  }
  print ""
  for (N in TN) {
    printf("%s",N)
    for (F in TF) {
      printf(", %s",TV[F ":" N])
    }
    print ""
  }
}
'

質問コメントで述べたように、質問を2つの作業に分けました。これは、各ファイルの最初の列がまったく同じであり、各ファイルの行数が同じであるためです。

仮面舞踏会のドレスのカタログに自分自身を置きなさい:

cd ballgown

最初のステップでは、最初の列を含む出力ファイルを作成します。

cut -f6 TCGA-A7-A6VW-01A/t_data.ctab > out.tab

ほとんどの作業はfind次の組み合わせで行われますperl。

find -iname t_data.ctab -exec perl -i.bak -lane 'if($.==1){$ARGV=~/([-\w]+)\/.*$/;$f=$1} if(1..eof&&($n=$.)){$a[$.]=$F[11];$a[1]=$f;next}; print "$_\t$a[$.-$n]"' {} out.tab \;

メモ:これは破壊的な動作です。元のファイルが保存され、.bak拡張子が追加されます。

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非破壊バージョン、利用済みsponge（findループで置き換えられたfor）：

for F in */t_data.ctab; do perl -lane 'if(1..eof&&($n=$.)){$a[$.]=$F[11];$a[1]=$ARGV=~s/([-\w]+)\/.*$/$1/r;next} print "$_\t$a[$.-$n]"' $F out.tab | sponge out.tab; done;

完全にプログラム可能なソリューションPHP。

<?php
$filenames = glob('*/t_data.ctab');
foreach($filenames as $k=>$filename) {
    $name = pathinfo($filename)['dirname'] . "\n";
    $file = file($filename);
    foreach ($file as $n => $line) {
        $line = explode("\t", $line);
        if ($n === 0) {
            $line[11] = $name;
        }
        if ($k === 0) {
            $out[$n] = $line[5] . "\t" . $line[11];
        } else {
            $out[$n] = trim($out[$n]) . "\t" . $line[11];
        }
    }
}
file_put_contents('out.tab', $out);

使用法:

• ballgownディレクトリに自分自身を配置
• ファイルを保存して名前を付けます。script.php
• スクリプトの実行php script.php
• out.tabファイルから出力を見つけることができます。

メモ:

PHPのインストールと使用方法、スクリプトの機能、特定の要件に合わせて調整する方法に関する追加の指示が必要な場合は、お知らせください。

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これは同じ解決策です。Python、コメントに言語が記載されているためです。 Pythonを初めて作成するときに改善点を提案してください。

import os, glob
out = []
for k, filename in enumerate(glob.glob('*/t_data.ctab')):
    with open(filename, 'r') as f:
        file = f.readlines()
        for n, line in enumerate(file):
            line = line.split("\t")
            if n == 0:
                line[11] = os.path.dirname(filename) + "\n"
            if k == 0:
                out.append(line[5] + "\t" + line[11])
            else:
                out[n] = out[n].strip() + "\t" + line[11]
outfile = open('out.tab', 'w')
outfile.write("".join(out))

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同じ方法が次のように書かれます。真珠1本のライン：

perl -lane '$a[$n].=($a[$n]?"":$F[5])."\t".($n<1?$ARGV=~s#([-\w]+)\/.*$#$1#r:$F[11]); $n=eof?0:$n+1}{print "$_" for @a' */t_data.ctab