私は、バイオインフォマティクス研究を行っているHPCサーバー上でcondaによって生成されたR環境にRパッケージをインストールしようとしています。一般的なRコマンドを実行してみました（ローカルRStudioのインストールで要求されたパッケージが機能してインストールされました）。
install.packages("http://hartleys.github.io/QoRTs/QoRTs_LATEST.tar.gz", repos=NULL, type="source");
ただし、conda R環境で同じコマンドを実行しようとすると、エラーが発生し続けます。
-bash: syntax error near unexpected token `"http://hartleys.github.io/QoRTs/QoRTs_LATEST.tar.gzhttp://hartleys.github.io/QoRTs/QoRTs_LATEST.tar.gz"'
conda Rのインストールで一般的な構文が許可されない理由についてのアイデアはありますか？この場合、この問題を克服し、unixサーバーからcondaを介してパッケージをインストールするためにどの構文を使用する必要がありますか？
答え1
コメントで@steeldriverが述べたようにinstall.packages()。その後、インストールは正常に機能します。ワークフロー：conda activate r_envR
ターミナルを開き、HPCサーバーに接続します。
以下を使用してコンダ環境を有効にします。
conda activate r_env以下を使用してRセッションを開きます。
R次のコマンドを使用してRパッケージをインストールします。
install.packages("http://hartleys.github.io/QoRTs/QoRTs_LATEST.tar.gz", repos=NULL, type="source")ローカルRStudioと同様に続けてください。