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別のディレクトリにある同じ名前のファイルを同じ名前の単一ファイルに変換する

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別のディレクトリにある同じ名前のファイルを同じ名前の単一ファイルに変換する

次の問題を解決するために誰が助けることができますか？私は異なる種に対して約40のディレクトリを持ち、各ディレクトリには異種配列を含む100の配列ファイルがあります。各種カタログのシーケンスファイルは同様の方法で命名されます。 40種類のディレクトリにある同じ名前のファイルを同じ名前のシーケンスファイルにリンクしたいと思います。

たとえば、「Species1」、「Species2」、「Species3」という3つのディレクトリがあります。これらのディレクトリには、「SequenceA.fasta」、「SequenceB.fasta」、「SequenceC.fasta」などの類似した名前のファイルが含まれています。別のSequenceA.fastaファイルのすべての内容を別のディレクトリの「SequenceA.fasta」という新しいファイルにリンクする必要があります。どうすればいいですか？

下のループで試しましたが失敗しました。ファイルが作成されましたが空です。

ls . | while read FILE; do cat ./*/"$FILE" >> ./final/"$FILE"; done

アドバイスや助けてくれてありがとう！

（クロスポストの可能性があり、申し訳ありません。以前に誤ってフォーラムにこの質問を投稿しました。）

答え1

この回答にはいくつかの注意事項があります。

  1. lsglobシェルモードを使用して目的の操作を実行できる場合は、出力を解析するのは一般的に悪い考えです。http://mywiki.wooledge.org/ParsingLs]。移植性のためにnullglobシェルオプションを使用しませんが、これはスクリプトを少し短くします。

  2. グローバルパターンが広すぎないことを確認するために、cat入力と出力に同じファイル名を使用するように指示します。これにより、無限のサイズのファイルを作成しようとすると、ハードドライブが非常に迅速にいっぱいになります。

  3. 同様のパターンを提供しても*.fastaファイルと一致しない場合は、*.fastaリテラル文字列を使用してください。

  4. というファイルがある場合は、*.fastaファイルとパターンの違いを区別する1つの方法は、読み取り可能であることを確認することです。

  5. --悪意のあるファイル名の可能性がある場合は、パラメータの解析を終了することをお勧めします。

まず簡単なスクリプトです。

# Simple script, assumes that "Species1" has all the needed "SequenceX.fasta" files
# Start in the directory containing "Species1", "Species2" etc.
# create output directory
mkdir "final"
# Go into the first directory
cd "Species1"
# Loop over all the files
for i in *".fasta"
do
    # join all the like named files in the sibling directories to the output
    # use a pattern which doesn't match ../final/$i to get list of files to join.
    cat "../Species"*"/$i" > "../final/$i"
done

これは、「Species1」にすべての「SequenceX.fasta」ファイルがあると仮定します。そうでない場合は、二重ループが必要な場合があります。これはより強力ですが、より長く遅いです。

# Start in the top level and loop over the directories
for dir in */
do
    # don't do anything inn the output directory
    [ "$dir" = "final" ] && continue
    # cd into directory, protecting against rogue directory names
    cd "./$dir" || { echo "cd to $dir failed" >&2 ; exit 1 ; }
    # loop over the files 
    for file in *"fasta"
    do
         # check the file exists, if there are no files matching the pattern
         # then the shell will pass the pattern through to the loop
         if [ -r "$file" ] ; then
             cat -- "$file" >> "../final/$file"
         fi
    done
    cd ".." || { echo "failed to return from $dir" ; exit 1 ; }
done

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