私はsamtoolsを使ってbamファイルを座標でソートします。このコマンドを実行すると、多数のファイルが生成されます。次のコマンドを実行しましたが、次の
samtools sort -o sorted.bam genomic_dataset.bam
結果が表示されます。
[bam_sort_core] 1022個のファイルをマージ中...開く：ファイルがあまりにも開いています。
検索してみると、開いているファイル数に制限があることがわかりました。出力はulimit -n1024です。データセットは約560 GB、実行時間は約15時間です。したがって、並べ替え時に多数のファイルを生成する必要があります。私の質問に関して、この制限をどのように取り除くことができますか？私はリモートLinuxサーバーです