複数のファイルに対して複数の入力を使用してコマンドを実行する

一連の入力ファイル（.faaファイルなど）を繰り返して、他の入力ファイルと出力ファイル名を生成できます。

for f in *.faa; do
    ./pal2nal.pl "$f" "${f%.faa}.fna" -codontable 11 -output paml > "${f%.faa}.paml"
done

この${f%word}構文は、最短の末尾コンポーネントの一致を削除しますword。

注文する

seq -w 0 6000

0から6000までのすべての数字が生成されます。数字が4桁未満の場合、左側は0で埋められます。コマンド置換を使用して、コマンドをforループにラップできます。

for n in $(seq -w 0 6000) ;do
  ./pal2nal.pl abc$n.faa abc$n.fna -codontable 11 -output paml > abc$n.paml
done